De Europese emissiehandel zal van toepassing zijn op alle vluchten die aankomen of vertrekken van een luchthaven die ligt op het grondgebied van een Europese lidstaat. Een aantal vluchten en luchtvaartexploitanten zijn van deze algemene regel uitgezonderd:

Luchtvaartexploitanten kunnen een verzoek indienen bij de betreffende lidstaat teneinde emissierechten kosteloos toegewezen te krijgen. Een verzoek om emissierechten toegewezen te krijgen, dient 21 maanden voor de start van de emissieperiode te worden ingediend. Het verzoek dat door de betreffende luchtvaartexploitant wordt ingediend bevat de geadministreerde en geverifieerde ton-kilometer data betreffende het kalenderjaar dat 24 maanden ligt voor de start van de emissieperiode waarvoor het verzoek is ingediend (artikel 3e Richtlijn). Dit jaar waarover de gegevens verstrekt moeten worden wordt aangeduid als het ‘monitoringsjaar’. Ten aanzien van de handelsperiode die van start gaat op 1 januari 2012 heeft het jaar 2010 als monitoringsjaar te gelden. Het verzoek met betrekking tot de handelsperiode van het jaar 2012,  dient uiterlijk op 30 maart 2011 ingediend zijn.

De ingediende verzoeken moeten door de lidstaten 18 maanden voor de start van de handelsperiode ter goedkeuring voorgelegd worden aan de Commissie. Tenminste 15 maanden voordat de handelsperiode van start gaat zal de Commissie een beslissing geven omtrent de aanvraag, ten aanzien van de totale hoeveelheid emissierechten die wordt toegewezen, de hoeveelheid emissierechten die kosteloos wordt toegewezen, en de wijze van berekening die aan de toewijzing van kosteloze emissierechten ten grondslag ligt.

Binnen drie maanden nadat de commissie een beslissing heeft genomen, zal door de lidstaten worden gepubliceerd hoeveel emissierechten daadwerkelijk aan de betreffende individuele luchtvaartmaatschappijen zal worden toegekend. Op 28 februari van elk jaar in de handelsperiode zullen de emissierechten op de rekeningen van de betreffende luchtvaartmaatschappijen worden bijgeschreven. Een jaar later, op 30 april van elk jaar in de emissieperiode, dienen de emissierechten te worden ingediend teneinde de uitstoot van het voorgaande jaar te dekken.

De uitstoot van CO2 gassen zal als volgt worden berekend:

Brandstof consumptie x emissiefactor = emissie

brandstofconsumptie

Hoeveelheid brandstof in de brandstoftanks van het luchtvaartuig na het tanken voor de vlucht – hoeveelheid brandstof in de brandstoftanks van het luchtvaartuig na het tanken voor de volgende vlucht + hoeveelheid getankte brandstof voor die volgende vlucht.

emissiefactor

Het wetenschappelijke bureau van de UNFCCC, de Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC), heeft in 2006 een rapport uitgebracht met de emissiefactoren van de verschillende brandstoffen, 2006 IPCC Inventory Guidelines (vol. 2 Energy, chapter 3 Mobile Combustion), die als standaard hebben te gelden als emissiefactor. Van deze standaarden kan slechts afgeweken worden indien de emissiefactor van de gebruikte kerosine wordt berekend door een onafhankelijk wetenschappelijk laboratorium.

In artikel 18a van de Richtlijn is bepaald bij welke lidstaat de luchtvaartexploitant haar emissiegegevens dient te administreren. De lidstaten van de Europese Unie hebben elk een nationaal emissieregister waarin de emissierechten, alsmede de geverifieerde emissiegegevens dienen te worden geregistreerd. Wanneer de luchtvaartexploitant een exploitatievergunning  heeft verkregen van een lidstaat, zal ook de rapportage omtrent de luchtvaartemissies aan diezelfde lidstaat moeten worden gedaan. In alle andere gevallen zal gerapporteerd moeten worden aan de lidstaat op wiens (grond)gebied de meeste luchtvaartemissies plaatsvinden door de betreffende vluchten van een luchtvaartexploitant.

Wanneer op 30 april van het betreffende emissiejaar onvoldoende emissierechten worden ingediend, zal de luchtvaartexploitant een boete moeten betalen van € 100,-- per ton CO2 die teveel is uitgestoten. Daarnaast zal de betreffende luchtvaartexploitant het volgende emissiejaar dat tekort alsnog moeten aanvullen, door bijvoorbeeld emissierechten bij te kopen.
In het uiterste geval is het zelfs mogelijk dat de luchtvaartexploitant de betreffende vluchten niet langer mag uitvoeren. De lidstaat die deze vergaande maatregel aan een luchtvaartexploitant wil opleggen, zal dat eerst aan de Europese Commissie moeten voorleggen (artikel 15 lid 4 en 5 Richtlijn).

Momenteel is de luchtvaartsector niet gebonden aan de doelstellingen van het Kyoto Protocol.

De wens is echter sterk aanwezig ook de luchtvaart onder het bereik van emissiereducerende maatregelen te brengen. In een rapport van IPCC (Special Report on Aviation and the Global Atmosphere, 1999) komt naar voren dat

• vliegtuigen verantwoordelijk zijn voor 3,5% van de totale mondiale uitstoot van broeikasgassen
• vliegtuigen deeltjes uitstoten die condensatiestrepen veroorzaken en mogelijkerwijs de vorming van cirruswolken doen toenemen.