Op grond van artikel 11 lid 4 van de Richtlijn (2003/87/EG) zouden de emissierechten worden toegekend aan de betreffende lidstaten op 28 februari 2005. De emissieregistrers van de lidstaten zouden daarom op dat moment in werking moeten zijn zodat de rechten van de "Independent transaction log" zouden kunnen worden overgeschreven naar de nationale registrers. Op 28 februari waren slechts drie van de twintig registers in werking.

Met de werking van de registers staat of valt de handel in emissierechten. Voor een dergelijke handel is namelijk vereist dat marktpartijen kunnen handelen op grond van een flexibel en betrouwbaar handelsregister. Van een internationale handel in de Europese Unie kan op dit moment nog geen sprake zijn daar slechts drie landen kunnen handelen in emissierechten. Dit betekent een slechte start die een toch al wankel vertrouwen van participerende bedrijven in geen geval ondersteunt. Vertrouwen is niettemin een kernwoord dat niet uit het oog mag worden verloren omdat de handel in emissierechten er hoe dan ook komt.

Het nationale register van emissierechten is zeer belangrijk voor de handel in emissierechten. Wanneer partij A emissierechten wilt doen overgaan op partij B zal dit slechts mogelijk zijn wanneer zowel A als B rekeningen hebben bij het register. De overschrijving vindt namelijk plaats door afschrijving van de rekening van partij A en bijschrijving op de rekening van partij B. Een andere overdracht zal geen werking hebben in het rechtsverkeer.

De registers die door de lidstaten zijn opgezet zijn uniform van karakter. Zij dienen te voldoen aan de bepalingen van de Registerverordening die door de Europese Commissie is uitgevaardigd.